SFC（スーパーファミコン）時代から登場したカプコンの「ロックマンXシリーズ」。Xシリーズは無印シリーズ（現在：1~11）の基本システムを継承し、疾走感が溢れる作品となっています。
設定上、登場キャラクターやストーリーとの関連性が高いことから、無印シリーズとXシリーズの深い繋がりが見られることも特徴です。
今回は、そんな人気なXシリーズのストーリー（あらすじ）や時系列についてお話していきます。
ストーリーを理解しているとゲームもより一層楽しくなるので、これからロックマンXをプレイする方や、把握せずにプレイしている方は、ぜひ、読んでいってください！
※先に無印シリーズのあらすじをお読みになりたい方は、以下のリンク先からお読みください。もう既にお読みになっている方は、そのままスクロールしてください。
ロックマンX
時代は「21XX年」。
20XX年（ロックマンシリーズ）から約100年後の話。物語は、とある科学者「ケイン博士」が発見した、ライト研究所跡に残るロボット「エックス」から始まった。
ケイン博士は、かつてのライト博士にレベルは及ばないものの、エックスを参考に人間に近い思考回路ロボット「レプリロイド」を作り上げた。その後、レプリロイドは社会的に受け入れられ、人間と平等に共存できる新たな時代へと築き上げたのだ。
しかし、レプリロイドには欠点があった。それは人間が考える”悪”と同じ。ましてや、人間よりも凶悪な犯罪であった。その欠点をケイン博士は見抜けなかったのだ。
自らの意思で悪に突き進むレプリロイド達は、次々とイレギュラー化し、大きな事件を起こしていった。
こうしてイラギュラー達を退治する為に、軍隊長シグマ率いる「イレギュラーハンター」が結成された。
ケイン博士の手によって目覚めたエックスは、暴走したイレギュラーを排除すべく、イレギュラーハンターに所属し、親友かつ先輩である特A級ハンター「ゼロ」とともに排除に務めた。
しかし、突如、軍隊長であるシグマがイレギュラー化してしまい、イレギュラーだけが支配する理想郷を築くべく人類に対して宣戦布告をしたのだ。
それを止めるべくエックスは立ち向かったが、自分の力を引き出せず、シグマ幹部の「VAVA（ヴァヴァ）」に敗れた。そこで助けにきたのがゼロだった。
ゼロに命を救われたエックスは、シグマ軍に成り下がった特A級ハンターの「アイシー・ペンギーゴ」・「スパーク・マンドリラー」・「アーマー・アルマージ」・「ランチャー・オクトパルド」・「ブーメル・クワンガー」・「スティング・カメリーオ」・「ストーム・イーグリード」・「バーニン・ナウマンダー」を排除しに向かった。
そこでエックスが出会ったのが、ライト博士がエックスを完全体させる為に残していった数々のパーツ。エックスは、ライト博士の遺言を聞いて4つのパーツを装備し、真の力を手に入れた。
かつては特A級ハンターだったシグマの部下8体を排除し、またもや幹部であるVAVAと再戦することとなった。
エックスが苦戦したところで、再び親友であるゼロが助けにきてくれたが、VAVAが操っていた機会と共に自爆。怒りを覚えたエックスは、見事にVAVAを打ち倒し、シグマの元へたどり着いた。
イレギュラーハンターで最強とも謳われたシグマであったが、彼はエックスに敗れ、ロックマンXストーリーはシグマ消滅で完結したのであった。
ロックマンX2へ続く>>
ロックマンX2
シグマ消滅から半年後、エックスは第１７精鋭部隊の隊長に昇格し、シグマの残党の処理を主な任務として活動していた。
しかしある時、各地でイレギュラーハンター基地が破壊されるという事件が起こり、一度は減少したかに見えたイレギュラーは増加の一途をたどっていた。
エックス部隊で現場に向かうと、基地を破壊していたイレギュラー達の内臓チップには滅んだはずの「Σ（シグマ）」のマークが刻まれていた。
エックスはイレギュラーハンターからの指令を受け、イレギュラーチップ製造工場の調査および破壊の任務を言い渡された。
製造工場の破壊に成功したものの、影で動いていた「カウンターハンター」の仕業によって、特A級ハンターであるレプリロイドがイレギュラー化してしまった。
製造工場には、X1で消滅したゼロの頭脳チップも奇跡的に無傷で保管されてあり、ゼロの修復可能を考えられたが、ケイン博士曰く「パーツがなければ修復不可能だ」と判断した。
そこで、突如カウンターハンターからの連絡が入る。それは、エックスへの宣戦布告。内容は「ゼロのパーツを返して欲しければ私たちと戦え」とのこと。どうやら、ゼロのパーツは彼らが先に奪っていたようだ。
エックスは、カウンターハンターからゼロのパーツを回収すると同時に、特A級イレギュラーの「ワイヤー・ヘチマール」・「ホイール・アリゲイツ」・「バブリー・クラブロス」・「フレイム・スタッガー」・「メタモル・モスミーノス」・「マグネ・ヒャクレッガー」・「クリスター・マイマイン」・「ソニック・オストリーグ」計8体を退治しに向かった。
無事にゼロのパーツを回収し事件は終わったと思いきや、突如エックスの前に、黒ゼロと消滅したはずのシグマ（正式にはネオシグマ）が現れた。
黒ゼロは、ネオシグマが作り上げたコピー版であったが、ゼロパーツ回収によって復活した本物ゼロがエックスを救助する際に処理した。
シグマは「ゼロの本当の敵は私ではないはずだ」とゼロに話すも、最終的にエックスが彼を撃破し、彼は死に際に「奴（ゼロ）は…最後の…ワイ…ナン…ズ（ワイリーナンバーズ）」と言って消滅していった。
シグマは、ゼロの親（製作者）を知っているかのような言葉を残していき、ロックマンX2のストーリーは謎のまま終止符をうち、次回作へと続いた。
ロックマンX3へ続く>>
ロックマンX3
シリーズ2でイレギュラーハンターとして復活したゼロは、第0特殊部隊の隊長となり、エックスと共にイレギュラー退治の任務をこなしていた。
一方で、とある科学者「ドップラー博士」が、ついに、シリーズ2のラストで登場した「シグマウイルス」がイレギュラーの発生要因である事実を研究で解明した。
そこでドップラー博士は、専用の抗体ウィルスを開発し、レプリロイドに投与することを実践した。その結果、レプリロイド達のイレギュラー化が減少し、彼は世界平和への第一歩を築き上げたのだった。
しかしある日、研究の過程を誤ってドップラー率いるレプリロイド達がイレギュラー化してしまい反乱を起こしてしまった。
イレギュラーハンターは、ドップラー共に反乱を起こしたレプリロイドたちをイレギュラー認定し、エックスとゼロに出撃命令が下されたのであった。
エックスは、ドップラーの手駒「アシッド・シーフォース」・「エクスプローズ・ホーネック」・「エレキテル・ナマズロス」・「シザーズ・シュリンプァー」・「シャイニング・タイガード」・「グラビティー・ビートブード」・「フローズン・バッファリオ」・「スクリュー・マサイダー」計8体を撃破し、ドップラーの元へたどり着いた。
ドップラーは、エックスに敗れウイルスが消えた影響で正気に戻った。
エックスは、イレギュラー化したドップラーがシグマに操られていた事を知り、彼は罪を犯してしまった償いとして「究極のボディ」の在り処を伝え消え去った。
エックスは、シグマの元へ向かい「カイザーシグマ」撃破後に登場するシグマウイルスに追い込まれてしまった。
窮地に追い込まれるエックスであったが、そこに駆けつけくれたのは、今作でイレギュラー化したドップラー博士だった。彼は最後の償いとして、シグマに抗体ウイルスを投与した。彼は、シグマと共に自爆を決意し、エックスは彼に救われたのであった。
ロックマンX4へ続く>>
ロックマンX4
レプリロイドで構成された軍隊、レプリフォースはイレギュラーハンターと共にイレギュラーを回収していた。両者は、共に助け合いながら任務を協力しあってた仲だった。
ある日、空中都市スカイラグーンが巨大イレギュラーに占拠され、その影響で空中都市真下にある街が破壊された。巨大イレギュラーが「レプリフォース」仕様のものであった事から、その容疑はレプリフォースへと向けられた。
エックスは、現場にいた指揮官･カーネルに事情聴取を要請したが、プライドの高いカーネルは要請を拒否した。
結果、巨大な軍事力を持ったレプリフォースが最高司令官のジェネラルをリーダーとして一斉にクーデターを起こし街を占拠。
イレギュラーハンターは、レプリフォースをイレギュラー認定し、エックスとゼロに出撃命令を下したのだった。
エックス達は、レプリフォース軍の「ウェブ・スパイダス」・「スプリット・マシュラーム」・「サイバー・クジャッカー」・「ストーム・フクロウル」・「マグマード・ドラグーン」・「フロスト・キバトドス」・「ジェット・スティングレン」・「スラッシュ・ビストレオ」計8体を撃破した。
そしてついに、レプリフォースのカーネルを倒すことに成功した。
エックス編
突如ハンターベースで、第17精鋭部隊に配属する新人ハンター「ダブル」が、凶悪な姿へと変貌し、次々とハンター達を葬る。
ダブルの正体は、シグマが送りんだスパイだということが判明した。それを知ったエックスは、ダブルを退治し、レプリフォースの最高司令官ジェネラルの元へとたどり着いた。
ジェネラルとの決着がついたエックスは、ついに真実を知らされた。それは、「”空中都市への襲撃”や”レプリフォースが反乱を起こしたこと”はシグマによる罠」ということ。シグマは、反乱を勃発させる為に、イレギュラーハンターがレプリフォースへ疑いがかかるように仕組んでいたという。
全てはシグマの手のひらでことが動いていたのだ。
怒りを覚えるエックスは、シグマを撃破することに成功し、エックスに敗れたジェネラルは、命を犠牲にしてシグマと共に自爆した。
ゼロ編
エリア深層部でジェネラルが待機しているステージでは、アイリスが待ち受けていた。
アイリスは、ゼロに想いをよせているが、兄であるカーネルの仇を打つため、戦闘では謝罪の言葉をゼロに言い、戦う羽目になってしまった。
ゼロは、屈辱な想いを抱きながらも、やむをえず自らの手でアイリスを葬ることとなった。
その後、ジェネラルを事の詳細を聞かされシグマの元へ。（エックス編と同一）
シグマと対面したゼロは、かつてはイレギュラーハンターだったシグマの過去について聞かされた。
〜回想〜
それは赤いイレギュラーが暴走した時の話。
ある時、赤いイレギュラーが街で暴走する事件が起こった。赤いイレギュラーは、とてつもないパワーの持ち主で、当時最強と謳われたシグマでさえ足元にも及ばないイレギュラーであった。
すると、戦闘中に突如、赤いイレギュラーが苦しみ出し、額に「W」と書かれたマークが記された。
その隙をついたシグマは、ゼロの額にめがけ拳を放ち、無事に赤いイレギュラーは正常化したのだった。
〜回想終了〜
「暴走した赤いイレギュラーの正体はゼロだ」とシグマは語ったのだ。
ゼロは自分そのものがイレギュラーだった事を知らされたが、それに動じないゼロはシグマを始末し、その場から脱出した。
（結末はエックス編と同一）
最後は、アイリスを思い浮かべながら「結局、俺たちみんなイレギュラーなのか・・・？」と一人つぶやき、ロックマンX4ゼロ編が終了した。
ロックマン5へ続く>>
ロックマンX5
レプリフォース大戦から数ヶ月。大戦で被害を被ったコロニー群の修復も完了し、平和がやっと訪れた。
しかし、突然スペースコロニー”ユーラシア”がシグマの傭兵「ダイナモ」と呼ばれる謎のレプリロイドに占拠されていた。
一方地球では、シグマの強力な力を感知し。エックス（ゼロ）はシグマの元へ追いついた。
そこには、女神像に偽ったシグマがおり、エックス（ゼロ）はシグマを倒した。しかし、シグマの計画は彼らにわざと敗れることにあった。
シグマは破壊されると同時に、地球上にウイルスを撒き散らし、数多くのレプリロイド達がイレギュラー化してしまった。
挙句に、人工重力装置のコントロールを奪われてしまい、ユーラシアの軌道を地球へと変更され、16時間後には”ユーラシアの衝突による地球消滅の危機”に直面してしまった。
数少ないハンター達に残された手段は、旧時代のギガ粒子砲「エニグマ」または、マニュアルでしか動作しない「スペースシャトル」に乗りこんで「ユーラシア」を破壊する他はない。つまり彼らの目標は「16時間以内に地球へと落下するユーラシアを破壊する」ことだ。
しかし、肝心のエニグマパーツがイレギュラー達に奪われ、まだ未完全な状態であり、ユーラシア破壊の成功率が低いとされている。そこで、パーツを回収するために、各パーツを奪ったイレギュラー達「クレッセント・グリズリー」・「ボルト・クラーケン」・「シャイニング・ホタルニクス」・「タイダル・マッコイーン」計4体を撃破し、破壊成功率を高めるのであった。
ここから、ユーラシアの破壊の成否でストーリーや結末が異なりますが、当記事ではエックス編の主観で結末をまとめていきます。（ゼロ編が気になる方は、ぜひ、プレイして確認してみてください！）
【エックス編】ユーラシアを破壊できずシグマを倒した場合（バッドエンドルート）
破壊を失敗し、自らの手で止めようと特攻したゼロは、ユーラシアの落下に巻きこまれ、ウイルスによって真の力を発揮した。
エックスはゼロを助けようと向かったが、そこにかつてのゼロはいなかった。
エックスは、「目で見たり、データで判別したりするだけではわからない、感じることで初めてわかることもある。そう教えてくれたのはゼロだったよね。今、俺は紛れもなく感じている。今のゼロは悪だと！お前を倒して、本当のゼロの心を取り戻してみせる！」と話し、ゼロとの一騎打ちに。
両者倒れたところでシグマが登場し、弱ったエックスにとどめを刺そうとする。しかし、ゼロは正気に戻りエックスをかばった。
その後エックスはシグマを撃破し、突如エックスの前に現れたライト博士の手によってゼロに関する記憶（嫌な記憶）を全て消去された。
最後「『ヘブン』と呼ばれるような…人もレプリロイドも幸せに暮らせる楽園を築き上げたい」と目標を決意し、バッドエンドでストーリーが完結した。
【エックス編】ユーラシアを破壊しシグマを倒した場合
破壊できなかった場合、エックスが「戦ってでもゼロ連れ戻す」という意思があったため、ゼロと戦う事に。（この時のゼロは真の力を発揮しない）
（ここはシグマ戦まで倒さなかった場合と同一）
そして、エックスはシグマを撃破するも、シグマは死に際にゼロを道連れにして、シグマとゼロは共に亡くなった。
その後、エックスはゼロのゼットセイバーを形見として受け継ぎ、3年後、「俺は今、どんな敵にも立ち向かっていける…そんな気がしてるんだ。このセイバーがある限り…今日も行くよ！ゼロ…いっしょに戦おう！いつまでも一緒さ…ゼロ…」という言葉でストーリーが完結する。
※シリーズ6では、成功ルートのストーリーが引き継がれます。
ロックマンX5ストーリーの進行について
X5は、エックス編とゼロ編で主観・内容が変わり、エニグマでユーラシア破壊の「成功/失敗」でストーリーが分岐します。
ゲーム内に登場する8ボスの内4体は、エニグマでユーラシア破壊の成功率を高めるための存在にすぎません。なので、8ボス撃破はゲームクリア条件とは関係なく、運が良ければ8ボスを倒さなくともゲームクリアすることが可能です。
エニグマでのユーラシア破壊が失敗してしまうと、ゼロが特攻してユーラシア落下に巻き添いになること（失敗ルート）が確定されます。
失敗してもゲームは進行されますが、上記のように成功ルートとの結末が異なります。
※シリーズ6では、成功ルートのストーリーが引き継がれます。
ロックマンX6
シグマの策略による「コロニー（ユーラシア）落下事件」から3週間。
ゼロの命と引き換えに救われた地球は、大きなダメージを背負い、荒れ果てた姿となっていた。一方でエックスは、地球上でわずかな生き残りハンターとして、復旧作業に励んでいた。
そんなある日、エックスの元へエイリア（女性ナビゲーター）からの緊急連絡が届く。
内容は、「コロニー事件から出現しなかったイレギュラーが再び発生」とのこと。真相を突き止めるべく、エックスはゼロの形見である「ゼットセイバー」を手に一人戦場へ向かった。
戦場にいたイレギュラーを撃破すると、そこには亡くなったはずのゼロが現れ、ロボットを両断し姿を消した。
ゼロの姿が消えたあと、ハイマックスと呼ばれるイレギュラーが出現。ハイマックスと戦うことになるエックスは敗れ、「先ほど現れたゼロは亡霊・ゼロナイトメアだ」と言い残し、その場を去っていった。
そこで、宣伝活動していたレプリロイド研究者・アイゾックが、「最近発生するナイトメアウィルスは、とりついたレプリロイドに悪夢を見させて暴走させ、その元凶はセロの亡霊・ゼロナイトメア」であることを判明した。
そして、ゼロナイトメアの発生源の疑いがある8つの地点を調査すると宣言し、ゲイトが開発した8体のレプリロイドを調査隊として派遣した。一方で、エックスもシグナスの命令により、8つの地点へ調査に向かった。
エックスが各調査ポイントへ出向く途中、またもゼロの反応を持ったレプリロイド「ゼロ・ナイトメア」を発見するが、エックスはそれを「ニセ物」と断定し撃破。
すると「こんなオモチャと一緒にされるとはな…俺も落ちたもんだ」という声が・・・、駆けつけたのは本物のゼロだった。
エックスはゼロと共に行動する事となったのだ。
エックスたちは、各ポイントのレプリロイド「コマンダー・ヤンマーク」・「ブリザード・ヴォルファング」・「ブレイズ・ヒートニックス」・「メタルシャーク・プレイヤー」・「グランド・スカラビッチ」・「レイニー・タートロイド」・「シールドナー・シェルダン」・「インフィニティー・ミジニオン」を撃破した。
その後、ハイマックとゲイトを撃破することに成功したが、ゲイトはX5シグマ戦場地で発見したゼロのデータの構造を利用して、シグマを復活させたのだった。プライドの高いシグマは、復活させてくれたゲイトを攻撃し葬った。
エックス（ゼロ）は、シグマの元へ向かい、未完全状態のシグマを撃破してストーリーが完結した。
※シリーズ7（X7）では、エックス編のゼロ復活ストーリーが引き継がれます。
エックス編のエンディング（ゼロが復活しない場合も含む）
破壊されたゲイトを連れて帰るエックス。
エックスは、「これ以上、レプリロイドたちを失いたくない」と話し、自分たちを苦しめたゲイトの修復をエイリアに頼んだ。
しかし、ゲイトは助からなかった。エイリアは「あなたのその気持ちは（ゲイトに）伝わるわ。私もあなたに感謝する。ありがとう、エックス」と感謝をし、ロックマンX6のストーリーが完結した。
ゼロが復活しないルートでは、エンディングで、影からエックスを見守り終了します。
※シリーズ7（X7）では、エックス編のゼロ復活ストーリーが引き継がれます。
ゼロ編のエンディング
【とある研究室でのゼロと研究員の会話】
研究員「これは難しいですね…全部取り除くにはかなりの時間がかかると思われます。それに、最新のテクノロジーを用いても、可能かどうか…本当によろしいのですか？」
ゼロ「ああ」
研究員「しかし よろしいのですか？あなたほどのハンターがいなくなると、もしまた今回のような大事件が起きた時、対処できなくなるのでは？」
ゼロ「俺よりも腕の立つハンターはもういるさ。それよりも、俺が平和を乱す存在になるのが怖いんだ」
研究員「…わかりました。覚悟はできているようですね」
そう話し、ゼロは深い眠りについたのであった。
※ゼロ編のエンディングはX7に繋がらず、ロックマンゼロに
ロックマンX7へ続く>>
ロックマンX7
20XX年、シリーズ6の「ゼロ・ナイトメア事件」の後、人類は地下に建設された都市に移り住み、レプリロイドは荒れ果てた地球を復興する作業に取り組んでいた。
しかし一方では、イレギュラー増加も促進しつつあった。
イレギュラーハンターも、いつものように力でイレギュラーを抑えようとしていたが、エックスは「なぜレプリロイド同士で傷つけ合うんだ」と、力でねじ伏せる事に疑問を抱き、イレギュラーハンターから脱退した。そして、エックスは、平和的解決を実践することを決意する。
それにより、エックスが抜けたイレギュラーハンターの戦力は弱体化してしまい、それに代わって世界は「レッドアラート」という別の組織が活躍するようになった。
だが、ある日を境にレッドアラートは、罪のないレプリロイドたちも破壊するようになってしまい、それに不満をもったメンバーの「アクセル」は、密かに組織から抜け出した。
アクセルの逃亡を見抜いたレッドアラートは、メカニロイドにアクセルを追わせた。
その通報を受けたゼロは、現場へ駆けつけてゼロはアクセルと出会った。アクセルからレッドアラートを抜けるという事を聞かされ、両者協力して追ってきたメカニロイドを撃破した。
ゼロは、イレギュラーハンター本部にアクセルを連れて行き事情聴取。
アクセルは、イレギュラーハンターになりたいという事を話したが、エックスは受け入れなかった。
すると突如、レッドアラートからアクセルの引渡しを求める通信が入る。それに反抗するアクセルとゼロにより、イレギュラーハンターとレッドアラートの争いが始まったのであった。
そこでレッドは、「ハンター対決に勝てばアクセルを自由させてやる」と条件を言い渡し、半信半疑ながらもゼロはレッドの口約束に乗ってアクセルと共に同行した。
エックスは同行する気はなかったが、この騒動を最後の戦いにすると決意し、ゼロ達と合流することになった。
【レッドがアクセルを連れ戻したがる理由】
レッドがアクセルを連れ戻す理由：アクセルが組織を抜ける頃、レッドはある男からDNAデータを利用したレプリロイド強化を教えてもらった。DNAデータの価値に驚くレッドは「レッドアラートの強化」に成功したが、レプリロイドたちは罪のない人にまで被害を与えるようになってしまった。レッドは「罪のないレプリロイド達を傷つけたくない」と話し、男との関係を切る事にした。しかし、男はすでにレッドアラートレプリロイド達を洗脳しており、部下の洗脳を解除したければ「アクセルを連れ戻せ」と男に命令され、レッドは今回の騒動を起こしてしまったのだ。
そして、その男の目的は「アクセルを利用したエックスのDNAデータ収集」だった。
エックス・ゼロ・アクセルは、レッドアラート率いるレプリロイド8体を撃破し、アジトにいるレッドのもとへ追いついた。レッドはアクセルを連れ戻すべく戦うが、3人に打ち倒されることに。
そして、レッドを利用し、エックスのDNAデータを集めようと裏で動いていた男が登場。その正体は「シグマ」であった。
エックスたちは、何度も戦いを挑み復活するシグマにはうんざりするも、彼を倒してロックマンX7のストーリーが完結した。
エックス編のエンディング
エックスは、アクセルのイレギュラーハンター活動を認めなかった。しかし、アクセルは独自でイレギュラー退治などを行い、エックスに認められようと動いていた。
イレギュラーハンター司令官シグナスは、「アクセルを認めたげてはどうだ」とエックスに問うた。だが、エックスはアクセルを認める気はなかった。
シグナスは、「平和的解決は単なる理想郷に過ぎない」と否定し、「イレギュラーハンターとしてのあり方をアクセルに導いてあげては？」と話してみたものの、エックスは否定した。
その後もエックスは、イレギュラーが増えても平和的解決を望みながら、前へ進んでいくのであった。
ゼロ編
ゼロは夢を見た。
突如目の前にエックスが現れ、「イレギュラー、排除セヨ」と喋るエックス。
そこで夢から目を覚ましたゼロは、その夢は本当に夢だったのかと疑問を感じるのであった。
アクセル編
イレギュラーハンターになることを認めてくれないエックスに反論するアクセル。エックスは「目の前のイレギュラーを倒すだけでは解決に繋がらない」と説得する。（理解のできないアクセルはエックスとの言い争い）
アクセルがイレギュラー退治に向かった後、オペレーターのエイリアは「アクセルのしたいようにやらせてあげればいいじゃない。」とエックスに声をかけた。するとエックスは「アクセルは過去の自分たちのようになってほしくない」と語り、ロックマンX7のストーリーは完結した。
ロックマン8へ続く>>
ロックマンX8
レプリロイドのたび重なるイレギュラー化により、歯止めがきかないと判断したイレギュラーハンターは、月への移住計画を開始した。
その主となる機会が”軌道エレベーター・ヤコブ”。計画は「新世代型レプリロイド」達によって順調に進んでいった。
しかし、ヤコブ周辺で事件は起きた。事件現場へ駆けつけたエックスの前に、突如、新世代型レプリロイドによって変化した大量のシグマが現れ、そのリーダーであるルミネが出てきた。
ルミネは、自分たちの正体を明かしその場から去っていった。
そして、ハンターベースへ緊急連絡が入る。ヤコブ周辺施設にてイレギュラー反応。エックスは事態の究明のため、ゼロ・アクセルと共に現場へと向かった。
そこで遭遇したのが、かつてイレギュラーハンターの仲間でありX3で消滅したVAVA（ヴァヴァ）。彼は、ヤコブ管理人のルミネを誘拐し、軌道エレベーターを自分のものにした。
そして、VAVAの手となった新世代型レプリロイド達は、シグマウイルスによりイレギュラー化した。
エックス達は、反乱を起こす8体のイレギュラーを撃破し、新世代型レプリロイド達のDNAパターンがシグマと酷似していたことが判明。
そしてエックスたちは、VAVAを倒し、ボロボロになったシグマが姿を現した。
シグマは、ヤコブ計画で誕生した新世代型レプリロイド達にシグマのデータチップを刻み、人類と旧世代型レプリロイドを滅ぼして新世代型レプリロイドだけの世界を築き上げようとしていたのだ。
その野望を阻止すべく、エックスたちはシグマを撃破した。
だが、勝負は終わりではなかった。シグマの後ろから突如現れたのは、VAVAに誘拐されたルミネだった。彼女は、新世代を作り上げるためにシグマの思惑を利用していたことをエックス達に明かした。
彼女の理想郷は、シグマが考えていた「新世代型レプリロイドだけの世界」を目指し、「ただの人の道具である旧世代レプリロイドは滅びるべき」という考えだった。
それに反対するエックス達は、真の黒幕であるルミネを倒し、無事帰還する事に成功した。
-帰還途中-
エックスは「ただの人の道具である旧世代レプリロイドは滅びるべき。私が消えてもその運命は変わらない」というルミネの言葉が胸に残っていた。
ゼロはエックスの心を察し、「奴が言った事が本当で、俺たち旧い世代のレプリロイドが滅ぶ運命だったとしても・・・俺たちは戦わないといけないんだ、その運命って奴と・・・」と言い去り、ロックマンX8のストーリーは完結した。
ロックマンX9へ続く>>（発売未定）
ロックマンX9の発売は正式に確定されておりませんが、発売の可能性は”ある”と予想されています。その可能性は、「ロックマン11 運命の歯車!!」の土屋和弘プロデューサーが、以下メディアからの質問に回答する内容から考えられます。
メディア：ロックマン11や、ロックマンXコレクションが成功すれば、『ロックマンX9』または新しいロックマンXの発売は期待できますか？
土屋氏：ロックマン11の開発は完了していますが、発売後にはフィードバックを集める必要があります。『ロックマンX9』が開発中であるという噂が大きく広まっていますが、”そのようなものはありません”。
（Q）メディア：ロックマンX9の開発計画はないということでしょうか？
（A）土屋氏：誰もがロックマンX9の誕生を楽しみにしているとは思いますが、”何もしていないとも言えません”。私たちはゲーマーの皆さんの反応を積極的かつ慎重に監視しています。
X9の発売は期待しておきましょう。X9のあらすじが掴めましたら、当記事に追記していく予定です。
※無印シリーズのあらすじは、以下のリンク先でまとめています。
